1998年5月4日，江泽民同志在庆祝北大建校100周年大会上向全社会宣告：“为了实现现代化，我国要有若干所具有世界先进水平的一流大学。” 他指出：“这样的大学，应该是增减和造就高素质的创造性人才的摇篮，应该是认识未知世界、探求客观真理、为人类解决面临的重大课题提供科学依据的前沿，应该是知识创新、推动科学技术成果向现实生产力转化的重要力量，应该是民族优秀文化与世界先进文明成果交流借鉴的桥梁。”

1998年12月24日，教育部制订了《面向21世纪教育振兴行动计划》，决定重点支持部分高校创建世界一流大学和高水平大学，简称“985工程”。

“985工程”一期重点建设的34所学校是：清华大学、北京大学、中国科技大学、南京大学、复旦大学、上海交通大学、西安交通大学、浙江大学、哈尔滨工业大学、南开大学、天津大学、东南大学、华中科技大学、武汉大学、厦门大学、山东大学、湖南大学、中国海洋大学、中南大学、吉林大学、北京理工大学、大连理工大学、北京航空航天大学、重庆大学、电子科技大学、四川大学、华南理工大学、中山大学、兰州大学、东北大学、西北工业大学、同济大学、北京师范大学、中国人民大学。

经过几年的建设，获得重点支持的各高校在学科建设、师资队伍建设和科研成果等诸多方面都取得了可喜的成果。

2004年6月，教育部、财政部下发了《关于继续实施“985工程”建设项目的意见》，进行“985工程”二期建设（2004－2007年）。“985工程”二期重点建设高校又增加了中国农业大学、西北农林科技大学、中央民族大学、国防科技大学4所高校。
　

“985工程”建设的总体思路是：以建设若干所世界一流大学和一批国际知名的高水平研究型大学为目标，建立高等学校新的管理体制和运行机制，牢牢抓住本世纪头20年的重要战略机遇期，集中资源，突出重点，体现特色，发挥优势，坚持跨越式发展，走有中国特色的建设世界一流大学之路。应着重贯彻以下原则：（一）坚持以国家目标为导向。瞄准世界先进水平和国家重大需求，增进国家核心竞争力，解决国家建设的重大问题，通过“985工程”的建设，为全面建设小康社会做出重大贡献。（二）坚持改革和创新。深化高等学校内部管理体制和运行机制改革，为“985工程”建设的各项任务提供体制和机制的保障。（三）坚持重点建设与整体统筹相结合。遵循科学的发展观，要统筹和协调长远目标与近期任务、人才培养与科学研究、学科建设与平台构筑等关系，综合集成推进建设世界一流大学和一批国际知名的高水平研究型大学进程。

“985工程”二期建设目标是：巩固一期建设成果，为创建世界一流大学和一批国际知名的高水平研究型大学进一步奠定坚实基础，使一批学科达到或接近国际一流学科水平，经过更长时间努力，建成若干所世界一流大学。通过管理体制创新，运行机制创新，积极探索世界一流大学建设的新机制。造就和引进一批具有世界一流水平的学术带头人和学术团队。结合国家创新体系建设，重点建设一批“985工程”科技创新平台和“985工程”哲学社会科学创新基地，促进一批世界一流学科的形成和推动学科建设。

“985工程”二期建设任务：（1）机制创新；（2）队伍建设；（3）平台和基地建设；（4）条件支撑；（5）国际交流于合作。

“985工程”二期建设资金由多方共同筹集，积极鼓励有条件的部门、地方和企业筹集资金共建有关“985工程”学校。其中中央专项资金重点用于“985工程”科技创新平台和“985工程”哲学社会科学创新基地和队伍建设。